Mange spor i landskabet fortæller om beboelse fra stenalderen og frem. Begravelsespladsen ved Ladby med bl.a. vikingeskibsgraven (fra ca. 925) antyder en rigmandsbeboelse i området i Jernalderen, men endnu har man ikke fundet bopladsen.
Få bebyggelser ligger direkte ud til Kerteminde Fjord/Kertinge Nor. Munkebo har fra Middelalderen ligget ved Kertinge Nor, som fiskeleje og landsby. Yderligere ligger landsbyen Kølstrup direkte ud til Kertinge Nor. Kølstrup er anlagt i Middelalderen som landsby under Ulriksholm. På det smalleste sted mellem Kerteminde Fjord og Kerteminde Bugt ligger Kerteminde. Byen fik købstadsbevilling i 1413 og virkede indtil den første Odense Kanal blev bygget i 1700’tallet som Odenses havneby. Byen har ellers været præget af fiskeri både på fjorden og i Storebælt.
Ved udgangen af 1989 blev tilførselen af kvælstof og fosfor til Kerteminde Fjord/Kertinge Nor reduceret med henholdsvis 45 og 78 %, fordi spildevandsudledningerne fra Munkebo og Kerteminde blev standset.
Marinbiologisk Forskningscenter under SDU har siden 1997 udført en grundig undersøgelse af vandkvalitet og økosystemet (sammenspillet mellem planter og dyr) i Kerteminde Fjord/Kertinge Nor.
Miljøstyrelsen har udgivet en række publikationer der i større eller mindre grad vedrører miljøet i Kerteminde Fjord/Kertinge Nor. Opgørelse over publikationerne fra 1994 og fremefter kan åbnes her.